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按碳的營養(yǎng)來源不同，微生物分為自養(yǎng)菌和異養(yǎng)菌兩大類。

自養(yǎng)菌(無機營養(yǎng)型)

能直接利用無機物如空氣中二氧化碳及無機鹽類作為營養(yǎng)物來源，合成細胞所需要的碳源的微生物，叫自養(yǎng)菌。自養(yǎng)菌又分光能自養(yǎng)菌與化學能自養(yǎng)菌。如藻類和含葉綠素的細菌利用葉綠素吸收光能，從二氧化碳合成所需化合物的微生物叫光能自養(yǎng)菌。而化學能自養(yǎng)菌能氧化一定的無機化合物，利用產生化學能還原二氧化碳合成有機碳化物，這類細菌如硝化菌群、鐵細菌、氧化硫細菌等。自然界中的化學能營養(yǎng)菌分布較光能營養(yǎng)菌普遍，對于自然界中氮、硫、鐵等物質轉化有很大作用。

異養(yǎng)菌

利用環(huán)境中的有機碳化合物進行氧化發(fā)酵得到細胞所需的營養(yǎng)物的菌種叫異養(yǎng)菌。它可以是不含葉綠素的。其中有些細菌生活在動植物尸體上吸收養(yǎng)料，這種營養(yǎng)方式叫腐生;有些細菌生活在活動的動、植物上吸收養(yǎng)料這叫寄生。在循環(huán)冷卻水中異養(yǎng)菌利用水中的有機碳化合進行繁殖。一般常將用特定異養(yǎng)菌培養(yǎng)基培養(yǎng)出的細菌統(tǒng)稱為異養(yǎng)菌。經有關研究人員監(jiān)測分析，循環(huán)冷卻水中的異養(yǎng)菌約分60個屬。

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