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循環冷卻水中含氨主要是由于空氣和水源中含氨或含氨的換熱設備泄漏而將氨帶入冷卻水系統中的。水中含氨的危害主要是由于硝化菌群能使氨氧化成為亞硝酸根，而亞硝酸根為還原性物質，在通氯殺菌時，只有將亞硝酸根全部氧化為硝酸根之后，才有游離余氯出現，否則水中就根本不會存在游離余氯，因而也就不能控制微生物。

亞硝酸根轉化為硝酸根，從理論上說細菌也會起一定作用。但主要是靠通氯來完成。水中亞硝酸根含量大于1mg/L時，通氯殺榮就開始產生困難，當亞硝酸根含量大于10mg/L時，困難就很大，往往出現氯的消耗高、余氯不達標、化學耗氧量(COD)增長、渾濁度上升、水變黑、系統黏泥量增加的情況，造成水質惡性循環。在這種情況下，使用氧化性殺生劑的效果就很差，應該改用非氧化性殺生劑，使水質恢復正常，亞硝酸根下降后再用氯殺菌所以冷卻水中要嚴防含氨的換熱器泄漏，控制氨含量，一般認為水中氨含量>10mg/L時，就易造成微生物的危害。

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